A Autoavaliação, também denominada como Avaliação Institucional Interna, teve início em 1994, quando o CEUB, preocupado com a melhoria da qualidade dos serviços oferecidos, criou o Escritório da Qualidade para assessorar e acompanhar os trabalhos desenvolvidos pelos diversos segmentos da Instituição. No ano de 1998, a Presidência do CEUB designou a Comissão de Avaliação Institucional, vinculada ao Escritório da Qualidade, com as atribuições de aprimorar o projeto inicial de Avaliação e desencadear as etapas subsequentes.
Atendendo à legislação vigente, em 2004, a Comissão de Avaliação Institucional foi reorganizada e passou a ser denominada Comissão Própria de Avaliação (CPA) do CEUB, conforme estabelecido pelo Sistema Nacional de Avaliação da Educação Superior (SINAES), por meio da Lei nº 10.861.